View Java Class Source Code in JAR file
- Download JD-GUI to open JAR file and explore Java source code file (.class .java)
- Click menu "File → Open File..." or just drag-and-drop the JAR file in the JD-GUI window htsjdk_2.11-1.128.jar file.
Once you open a JAR file, all the java classes in the JAR file will be displayed.
htsjdk.variant.vcf
├─ htsjdk.variant.vcf.AbstractVCFCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCF3Codec.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCF3Parser.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCF4Parser.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFCompoundHeaderLine.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFConstants.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFContigHeaderLine.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFEncoder.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFFileReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFFilterHeaderLine.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFFormatHeaderLine.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeader.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLine.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineCount.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineTranslator.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineType.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderVersion.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFIDHeaderLine.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFInfoHeaderLine.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFLineParser.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFRecordCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFSimpleHeaderLine.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFStandardHeaderLines.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.vcf.VCFUtils.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.BaseChange.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.BaseQualityScore.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.BaseTransitions.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.Deletion.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.HardClip.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.InsertBase.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.Insertion.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.Padding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.ReadBase.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.ReadFeature.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.RefSkip.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.SoftClip.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.read_features.Substitution.class - [JAR]
htsjdk.variant.variantcontext.writer
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.AsyncVariantContextWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Encoder.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldEncoder.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriterManager.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Writer.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.IndexingVariantContextWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.IntGenotypeFieldAccessors.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.Options.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.PositionalOutputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriterBase.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.VCFWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriterBuilder.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriterFactory.class - [JAR]
htsjdk.tribble.index.interval
├─ htsjdk.tribble.index.interval.Interval.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.interval.IntervalIndexCreator.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTree.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTreeIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.interval.MutableInterval.class - [JAR]
htsjdk.tribble.index
├─ htsjdk.tribble.index.AbstractIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.Block.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.ChrIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.DynamicIndexCreator.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.Index.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.IndexCreator.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.IndexFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.MutableIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.TribbleIndexCreator.class - [JAR]
htsjdk.tribble.index.linear
├─ htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndexCreator.class - [JAR]
htsjdk.tribble.annotation
├─ htsjdk.tribble.annotation.Strand.class - [JAR]
htsjdk.samtools.util
├─ htsjdk.samtools.util.AbstractAsyncWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.AbstractIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.AsciiWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.BinaryCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.BlockCompressedFilePointerUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.BlockCompressedInputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.BlockCompressedOutputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.BlockCompressedStreamConstants.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.BlockGunzipper.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.BufferedLineReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.CigarUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.CloseableIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.CloserUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.CollectionUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.CoordMath.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.CustomGzipOutputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.DateParser.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.DelegatingIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.DiskBackedQueue.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.FastLineReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.FastqQualityFormat.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.FileAppendStreamLRUCache.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.FormatUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.Histogram.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.HttpUtils.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.IOUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.Interval.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.IntervalCoordinateComparator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.IntervalList.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.IntervalListReferenceSequenceMask.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.IntervalTree.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.IntervalTreeMap.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.IntervalUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.Iso8601Date.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.IterableAdapter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.IterableOnceIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.Iterables.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.Lazy.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.LineReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.ListMap.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.LocationAware.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.Locus.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.LocusComparator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.LocusImpl.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.Log.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingInputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingOutputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.MergingIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.Objects.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.OverlapDetector.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.PeekIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.PeekableIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.ProcessExecutor.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.ProgressLogger.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.ProgressLoggerInterface.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.QualityEncodingDetector.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.QualityUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.ReferenceSequenceMask.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.RelativeIso8601Date.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMap.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMapFunctor.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.RuntimeEOFException.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.RuntimeIOException.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.SamLocusIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.SamRecordIntervalIteratorFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.SamRecordTrackingBuffer.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.SamRecordWithOrdinal.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.SequenceUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.SnappyLoader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.SolexaQualityConverter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.SortingCollection.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.SortingLongCollection.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.StopWatch.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.StringLineReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.StringUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.TempStreamFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.TestUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.Tuple.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.WholeGenomeReferenceSequenceMask.class - [JAR]
htsjdk.variant.variantcontext
├─ htsjdk.variant.variantcontext.Allele.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.CommonInfo.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.FastGenotype.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.Genotype.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeBuilder.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeLikelihoods.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeType.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.GenotypesContext.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.JEXLMap.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.LazyGenotypesContext.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.VariantContext.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextBuilder.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextComparator.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextUtils.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.variantcontext.VariantJEXLContext.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.encoding.fastq
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.fastq.Template.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.lossy
├─ htsjdk.samtools.cram.lossy.BaseCategory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.lossy.BaseCategoryType.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.lossy.Binning.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.lossy.PreservationPolicy.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.lossy.QualityScorePreservation.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.lossy.QualityScoreTreatment.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.lossy.QualityScoreTreatmentType.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.lossy.ReadCategory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.lossy.ReadCategoryType.class - [JAR]
htsjdk.samtools.apps
├─ htsjdk.samtools.apps.TimeChannel.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.apps.TimeRandomAccessFile.class - [JAR]
htsjdk.tribble.exception
├─ htsjdk.tribble.exception.CodecLineParsingException.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.exception.UnsortedFileException.class - [JAR]
htsjdk.tribble.util.popgen
├─ htsjdk.tribble.util.popgen.HardyWeinbergCalculation.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.encoding.huffman
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.huffman.HuffmanCode.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.huffman.HuffmanLeaf.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.huffman.HuffmanNode.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.huffman.HuffmanTree.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.build
├─ htsjdk.samtools.cram.build.CompressionHeaderFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.build.ContainerFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.build.ContainerParser.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.build.Cram2SamRecordFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.build.CramBuilder.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.build.CramIO.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.build.CramNormalizer.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.build.Sam2CramRecordFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.build.Utils.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.structure
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.Block.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.BlockCompressionMethod.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.BlockContentType.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.CompressionHeader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.CompressionHeaderBLock.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.Container.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.ContainerHeaderIO.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.CramCompressionRecord.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.CramHeader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.EncodingID.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.EncodingKey.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.EncodingParams.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.ReadTag.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.Slice.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.SliceHeader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.SliceIO.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.structure.SubstitutionMatrix.class - [JAR]
htsjdk.samtools.reference
├─ htsjdk.samtools.reference.AbstractFastaSequenceFile.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceFile.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndexEntry.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequence.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFile.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileWalker.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.index
├─ htsjdk.samtools.cram.index.BaiIndexer.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.index.CraiIndexer.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.index.CramIndex.class - [JAR]
htsjdk.samtools.example
├─ htsjdk.samtools.example.ExampleSamUsage.class - [JAR]
htsjdk.tribble.util
├─ htsjdk.tribble.util.FTPHelper.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.util.HTTPHelper.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.util.LittleEndianInputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.util.LittleEndianOutputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.util.MathUtils.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.util.ParsingUtils.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.util.RemoteURLHelper.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.util.TabixUtils.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.util.URLHelper.class - [JAR]
htsjdk.tribble.dbsnp
├─ htsjdk.tribble.dbsnp.OldDbSNPCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.dbsnp.OldDbSNPFeature.class - [JAR]
htsjdk.samtools.filter
├─ htsjdk.samtools.filter.AggregateFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.AlignedFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.DuplicateReadFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.FailsVendorReadQualityFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.FilteringIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.IntervalFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.NotPrimaryAlignmentFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.ReadNameFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.SecondaryAlignmentFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.SecondaryOrSupplementaryFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.SolexaNoiseFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.TagFilter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.filter.WholeReadClippedFilter.class - [JAR]
htsjdk.samtools.metrics
├─ htsjdk.samtools.metrics.Header.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.metrics.MetricBase.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.metrics.MetricsFile.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.metrics.StringHeader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.metrics.VersionHeader.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.encoding.writer
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.DataWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.DataWriterFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.Writer.class - [JAR]
htsjdk.samtools.seekablestream
├─ htsjdk.samtools.seekablestream.ISeekableStreamFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableBufferedStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStreamHelper.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFileStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableHTTPStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStreamFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.seekablestream.UserPasswordInput.class - [JAR]
htsjdk.tribble.readers
├─ htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReaderIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.readers.AsynchronousLineReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.readers.LineIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.readers.LineIteratorImpl.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.readers.LineReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.readers.LineReaderUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.readers.LongLineBufferedReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.readers.Positional.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.readers.PositionalBufferedStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.readers.TabixIteratorLineReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.readers.TabixReader.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.mask
├─ htsjdk.samtools.cram.mask.ArrayPositionMask.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.mask.DefaultReadMaskFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.mask.FastaByteArrayMaskFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.mask.IntegerListMaskFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.mask.PositionMask.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.mask.ReadMaskException.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.mask.ReadMaskFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.mask.ReadMaskFormatException.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.mask.ReadMaskReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.mask.RefMaskUtils.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.mask.SingleLineMaskReader.class - [JAR]
htsjdk.variant.bcf2
├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2Codec.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2Decoder.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2GenotypeFieldDecoders.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2LazyGenotypesDecoder.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2Type.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2Utils.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.bcf2.BCFVersion.class - [JAR]
htsjdk.samtools.fastq
├─ htsjdk.samtools.fastq.AsyncFastqWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.fastq.BasicFastqWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.fastq.FastqConstants.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.fastq.FastqReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.fastq.FastqRecord.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.fastq.FastqWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.fastq.FastqWriterFactory.class - [JAR]
htsjdk.tribble
├─ htsjdk.tribble.AbstractFeatureCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.AbstractFeatureReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.AsciiFeatureCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.BasicFeature.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.BinaryFeatureCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.CloseableTribbleIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.Feature.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.FeatureCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.FeatureCodecHeader.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.FeatureReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.NameAwareCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.TabixFeatureReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.Tribble.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.TribbleException.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.TribbleIndexedFeatureReader.class - [JAR]
htsjdk.tribble.bed
├─ htsjdk.tribble.bed.BEDCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.bed.BEDFeature.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.bed.FullBEDFeature.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.bed.SimpleBEDFeature.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.encoding.huffint
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.huffint.CanonicalHuffmanByteCodec2.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.huffint.CanonicalHuffmanIntegerCodec2.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.huffint.Helper.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.huffint.HelperByte.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.huffint.HuffmanBitCode.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.huffint.Node.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.encoding.reader
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.AbstractFastqReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.AbstractReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.CramRecordReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.DataReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.DataReaderFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.ReadFeatureBuffer.class - [JAR]
htsjdk.samtools.util.ftp
├─ htsjdk.samtools.util.ftp.FTPClient.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.ftp.FTPReply.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.ftp.FTPStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.ftp.FTPUtils.class - [JAR]
htsjdk.variant.utils
├─ htsjdk.variant.utils.GeneralUtils.class - [JAR]
├─ htsjdk.variant.utils.SAMSequenceDictionaryExtractor.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.ref
├─ htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceSource.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceTracks.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.common
├─ htsjdk.samtools.cram.common.CramVersions.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.common.IntHashMap.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.common.MutableInt.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.common.NonforgivingPrintStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.common.NullOutputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.common.Version.class - [JAR]
htsjdk.samtools.util.zip
├─ htsjdk.samtools.util.zip.DeflaterFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.zip.IntelDeflater.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.util.zip.ZStreamRef.class - [JAR]
htsjdk.tribble.index.tabix
├─ htsjdk.tribble.index.tabix.TabixFormat.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndexCreator.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.encoding
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.AbstractBitCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ArithCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ArithCodec1.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.BetaIntegerCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.BetaIntegerEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.BitCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ByteArrayLenEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ByteArrayStopEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.CanonicalHuffmanByteCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.CanonicalHuffmanIntegerCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.DataSeries.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.DataSeriesMap.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.DataSeriesType.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.Encoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.EncodingFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ExternalByteArrayCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ExternalByteArrayEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ExternalByteCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ExternalByteEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ExternalIntegerCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ExternalIntegerEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ExternalLongCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ExternalLongEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.GammaIntegerCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.GammaIntegerEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.GolombIntegerCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.GolombIntegerEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.GolombLongCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.GolombLongEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.GolombRiceIntegerCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.GolombRiceIntegerEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.HuffmanByteEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.HuffmanEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.HuffmanIntegerEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.NullCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.NullEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.SubexpIntegerCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.SubexpIntegerEncoding.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.UnaryIntegerCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.UnaryIntegerEncoding.class - [JAR]
htsjdk.tribble.example
├─ htsjdk.tribble.example.CountRecords.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.example.ExampleBinaryCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.example.IndexToTable.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.example.IndicesAreEqual.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.example.ProfileIndexReading.class - [JAR]
htsjdk.samtools
├─ htsjdk.samtools.AbstractBAMFileIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.AbstractSAMHeaderRecord.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.AlignmentBlock.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.AsyncSAMFileWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BAMFileConstants.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BAMFileReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BAMFileSpan.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BAMFileWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BAMIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BAMIndexContent.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BAMIndexMetaData.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BAMIndexWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BAMIndexer.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BAMRecord.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BAMRecordCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BamFileIoUtils.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BamIndexValidator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.Bin.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BinList.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BinaryBAMIndexWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BinaryCigarCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BinaryTagCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BinningIndexBuilder.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BinningIndexContent.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.BrowseableBAMIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.CRAMFileReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.CRAMFileWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.CRAMIndexer.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.CRAMIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.CachingBAMFileIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.Chunk.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.Cigar.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.CigarElement.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.CigarOperator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.ComparableSamRecordIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.CoordinateSortedPairInfoMap.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.CustomReaderFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.DefaultSAMRecordFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.Defaults.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.DiskBasedBAMFileIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.DuplicateScoringStrategy.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.FileInputResource.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.FileTruncatedException.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.FixBAMFile.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.GenomicIndexUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.Indexer.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.InputResource.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.InputStreamInputResource.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.LinearIndex.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.MergingSamRecordIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.NotPrimarySkippingIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.QueryInterval.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.ReservedTagConstants.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndUnsignedArrayValue.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndValue.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMException.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMFileHeader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMFileReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMFileSource.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMFileSpan.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMFileTruncatedReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMFileWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMFileWriterFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMFormatException.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMHeaderRecordComparator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMLineParser.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMProgramRecord.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMReadGroupRecord.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMRecord.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMRecordComparator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMRecordCoordinateComparator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMRecordFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMRecordIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMRecordQueryNameComparator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMRecordSetBuilder.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMRecordUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMSequenceRecord.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMSortOrderChecker.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMTag.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMTagUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMTestUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMTextReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMTextWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMTools.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMUtils.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SAMValidationError.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SQTagUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SamFileHeaderMerger.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SamFileValidator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SamFiles.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SamInputResource.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SamPairUtil.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SamReader.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SamReaderFactory.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SamStreams.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SecondaryOrSupplementarySkippingIterator.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.SeekableStreamInputResource.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.StreamInflatingIndexingOutputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.TagValueAndUnsignedArrayFlag.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.TextCigarCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.TextTagCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.TextualBAMIndexWriter.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.UrlInputResource.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.ValidationStringency.class - [JAR]
htsjdk.samtools.liftover
├─ htsjdk.samtools.liftover.Chain.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.liftover.LiftOver.class - [JAR]
htsjdk.tribble.gelitext
├─ htsjdk.tribble.gelitext.DiploidGenotype.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.gelitext.DiploidGenotypeException.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.gelitext.GeliTextCodec.class - [JAR]
├─ htsjdk.tribble.gelitext.GeliTextFeature.class - [JAR]
htsjdk.samtools.cram.io
├─ htsjdk.samtools.cram.io.BitInputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.io.BitOutputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.io.BitwiseUtils.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.io.ByteBufferUtils.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.io.CountingInputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.io.DebuggingInputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.io.DefaultBitInputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.io.DefaultBitOutputStream.class - [JAR]
├─ htsjdk.samtools.cram.io.ExposedByteArrayOutputStream.class - [JAR]
