View Java Class Source Code in JAR file
- Download JD-GUI to open JAR file and explore Java source code file (.class .java)
- Click menu "File → Open File..." or just drag-and-drop the JAR file in the JD-GUI window pia-1.3.23.jar file.
Once you open a JAR file, all the java classes in the JAR file will be displayed.
de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.FastaFileParser.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.FastaHeaderInfos.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.IdXMLFileParser.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.InputFileParserFactory.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.MzIdentMLFileParser.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.MzTabParser.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.PrideXMLParser.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.report.settings
├─ de.mpc.pia.modeller.report.settings.Setting.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.report.settings.SettingType.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.protein
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.ReportProtein.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.ReportProteinComparatorFactory.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.score
├─ de.mpc.pia.modeller.score.FDRComputable.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.score.FDRData.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.score.FDRScore.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.score.FDRScoreComputable.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.score.ScoreModel.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.score.ScoreModelEnum.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.peptide
├─ de.mpc.pia.modeller.peptide.ReportPeptide.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.peptide.ReportPeptideComparatorFactory.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.protein.inference
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.inference.AbstractProteinInference.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.inference.OccamsRazorInference.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.inference.OccamsRazorWorkerThread.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.inference.ProteinInferenceFactory.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.inference.ReportAllInference.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.inference.SpectrumExtractorInference.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.inference.SpectrumExtractorWorkerThread.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.score.comparator
├─ de.mpc.pia.modeller.score.comparator.RankCalculator.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.score.comparator.RankComparator.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.score.comparator.Rankable.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.score.comparator.ScoreComparable.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.score.comparator.ScoreComparator.class - [JAR]
de.mpc.pia.tools.pride
├─ de.mpc.pia.tools.pride.PRIDETools.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.pride.PrideSoftwareList.class - [JAR]
de.mpc.pia.tools
├─ de.mpc.pia.tools.CleavageAgent.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.LabelValueContainer.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.MzIdentMLTools.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.OntologyConstants.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.PIAConstants.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.PIATools.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.psm
├─ de.mpc.pia.modeller.psm.PSMItem.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.psm.PSMReportItem.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.psm.PSMReportItemComparator.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.psm.ReportPSM.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.psm.ReportPSMSet.class - [JAR]
de.mpc.pia.exceptions
├─ de.mpc.pia.exceptions.PTMMappingException.class - [JAR]
de.mpc.pia
├─ de.mpc.pia.JsonAnalysis.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.PIACli.class - [JAR]
de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.searchengines
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.searchengines.MascotDatFileParser.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.searchengines.TandemFileParser.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.searchengines.ThermoMSFFileParser.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.parser.searchengines.TideTXTFileParser.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller
├─ de.mpc.pia.modeller.IdentificationKeySettings.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.PIAModeller.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.PSMModeller.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.PeptideModeller.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.ProteinModeller.class - [JAR]
de.mpc.pia.intermediate
├─ de.mpc.pia.intermediate.Accession.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.AccessionOccurrence.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.Group.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.Modification.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.PIAInputFile.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.Peptide.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.PeptideSpectrumMatch.class - [JAR]
de.mpc.pia.tools.openms.jaxb
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.DigestionEnzyme.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.FixedModification.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.IdXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.IdentificationRun.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.MassType.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.PeptideHit.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.PeptideIdentification.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.ProteinHit.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.ProteinIdentification.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.SearchParameters.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.UserParamIdXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.UserParamType.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.openms.jaxb.VariableModification.class - [JAR]
de.mpc.pia.intermediate.xmlhandler
├─ de.mpc.pia.intermediate.xmlhandler.PIAIntermediateJAXBHandler.class - [JAR]
de.mpc.pia.intermediate.piaxml
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.AccessionRefXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.AccessionXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.AccessionsListXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.ChildRefXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.DescriptionXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.FileRefXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.FilesListXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.GroupXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.GroupsListXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.JPiaXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.ModificationXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.OccurenceXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.OccurrencesXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.PIAInputFileXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.PeptideRefXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.PeptideXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.PeptidesListXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.ScoreXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.SearchDatabaseRefXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.SpectraListXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.SpectrumMatchXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.SpectrumRefListXML.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.piaxml.SpectrumRefXML.class - [JAR]
de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.AaT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.AminoAcidsT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.BrickT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.CompositionT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.ElemRefT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.ElemT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.ElementsT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.ModBricksT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.ModT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.ModificationsT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.NeutralLossT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.ObjectFactory.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.PepNeutralLossT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.PositionT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.SpecificityT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.UnimodT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.XrefT.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.jaxb.package-info.class - [JAR]
de.mpc.pia.tools.openms
├─ de.mpc.pia.tools.openms.IdXMLParser.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.report.filter.impl
├─ de.mpc.pia.modeller.report.filter.impl.PSMScoreFilter.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.report.filter.impl.PSMTopIdentificationFilter.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.report.filter.impl.PeptideScoreFilter.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.report.filter.impl.SimpleTypeFilter.class - [JAR]
de.mpc.pia.tools.obo
├─ de.mpc.pia.tools.obo.AbstractOBOMapper.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.obo.OBOMapper.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.tools.obo.PsiModParser.class - [JAR]
de.mpc.pia.intermediate.compiler
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.CompilerWorkerThread.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.PIACompiler.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.intermediate.compiler.PIASimpleCompiler.class - [JAR]
de.mpc.pia.tools.unimod
├─ de.mpc.pia.tools.unimod.UnimodParser.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.protein.scoring
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.scoring.AbstractScoring.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.scoring.AdditiveScoring.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.scoring.GeometricMeanScoring.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.scoring.MultiplicativeScoring.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.scoring.ProteinScoringFactory.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.exporter
├─ de.mpc.pia.modeller.exporter.CSVExporter.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.exporter.IdXMLExporter.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.exporter.MzIdentMLExporter.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.exporter.MzTabExporter.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.protein.scoring.settings
├─ de.mpc.pia.modeller.protein.scoring.settings.PSMForScoring.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.report
├─ de.mpc.pia.modeller.report.SortOrder.class - [JAR]
de.mpc.pia.modeller.report.filter
├─ de.mpc.pia.modeller.report.filter.AbstractFilter.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.report.filter.FilterComparator.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.report.filter.FilterFactory.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.report.filter.FilterType.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.report.filter.Filterable.class - [JAR]
├─ de.mpc.pia.modeller.report.filter.RegisteredFilters.class - [JAR]
