View Java Class Source Code in JAR file
- Download JD-GUI to open JAR file and explore Java source code file (.class .java)
- Click menu "File → Open File..." or just drag-and-drop the JAR file in the JD-GUI window somatic-1.4.0.jar file.
Once you open a JAR file, all the java classes in the JAR file will be displayed.
org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.graphs
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.graphs.SixDenseLayersNarrower2.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.graphs.SixDenseLayersNarrower2WithFrequency.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.graphs.SixDenseLayersNarrower2WithFrequencyAndBase.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.util
├─ org.campagnelab.dl.somatic.util.ErrorRecord.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.util.GenomicSitesVisited.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.util.HitBoundedPriorityQueue.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.AbstractNeuralNetAssembler.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.CalibrationAssembler.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.EStatusListener.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.SixDenseLayers.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.SixDenseLayersForGPU.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.SixDenseLayersNarrower.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.SixDenseLayersNarrower2.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.SixDenseLayersNarrower2BatchNormalization.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.SixDenseLayersNarrower3.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.architecture.ThreeDenseLayers.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.mappers.trio
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.trio.AbstractFeatureMapperTrio.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.trio.FeatureMapperV18Trio.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.trio.FeatureMapperV25Trio.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.trio.FractionDifferences4Trio.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.trio.IndelFeaturesTrio.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.trio.MagnitudeFeatures2Trio.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.trio.ReadIndexFeaturesTrio.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.trio.SimpleFeatureCalculatorTrio.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.tools
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.CombineWithGoldStandard.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.CombineWithGoldStandardArguments.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.MapFeatures.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.MapFeaturesS.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.Mutate.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.MutateArguments.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.PredictS.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.Print.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.PrintArguments.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.QuickConcat.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.Randomize.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.RandomizerArguments.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.ShowS.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.Simplify.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.SimplifyArguments.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.SomaticMapFeaturesArguments.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.SomaticShowArguments.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.Split.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.SplitArguments.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.SplitByChromosome.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.tools.SplitByChromosomeArguments.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.mappers.functional
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.functional.TraversalHelper.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries
├─ org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries.FilteredNonFiltered.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries.FirstSimulationStrategy.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries.Intermediary.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries.OneSampleCanonicalSimulationStrategy.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries.QuickConcatArguments.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries.Randomizer.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries.SimulationCharacteristics.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries.SimulationStrategy.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries.ThreeSampleSimulationStrategyImplTrio.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries.TwoSampleCanonicalSimulationStrategy.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.intermediaries.TwoSampleSimulationStrategyTrio.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.learning.performance
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.performance.MeasurePerformance.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.learning.features
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.features.Features.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.learning.domains.predictions
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.domains.predictions.IsMutatedBasePrediction.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.domains.predictions.IsMutatedPrediction.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.domains.predictions.IsSomaticMutationInterpreter.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.domains.predictions.SomaticFrequencyPrediction.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.predictions
├─ org.campagnelab.dl.somatic.predictions.DLSomaticPredictor.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.predictions.SomaticModel.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.learning.calibrate
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.calibrate.CalibrateModelOutput.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.calibrate.CalibratingModel.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.storage
├─ org.campagnelab.dl.somatic.storage.DownSampler.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.storage.DualReader.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.storage.FeatureCollector.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.storage.ProtobufPrinter.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.storage.RecordIterable.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.storage.RecordReader.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.storage.RecordReaderI.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.storage.RecordSpliterator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.storage.RecordWriter.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.utils
├─ org.campagnelab.dl.somatic.utils.BayesCalibrator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.utils.CalcCalibrator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.utils.FDREstimator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.utils.ProtoPredictor.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.learning.domains
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.domains.IsBaseMutatedInterpreter.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.domains.SomaticFrequencyInterpreter.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.domains.SomaticMutationDomainDescriptor.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.genotypes
├─ org.campagnelab.dl.somatic.genotypes.BaseGenotypeCountFactory.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.genotypes.GenotypeCountFactory.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.learning.iterators
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.iterators.BaseInformationConcatIterator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.iterators.BaseInformationIterator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.iterators.CachedConcatIterator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.iterators.FirstNIterator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.iterators.MultiDataSetRecordIterator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.iterators.NamedCachingDataSetIterator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.iterators.NamedDataSetIterator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.iterators.SBIRecordIterator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.iterators.SamplingDataset.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.iterators.SamplingIterator.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.mappers
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.AbstractFeatureMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.BamFlagMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.BinaryFeatureMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.CategoryFeatureMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.DensityMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.DensityMapperCapped.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.FeatureMapperFT.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.FeatureMapperV10.class - [JAR]
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├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.GenomicPositionDiscreteMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.GenomicPositionMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.GenotypeCount.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.IndelFeatures.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.IndelGenotypeCount.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.IsBaseMutatedMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.IsSomaticMutationMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.MagnitudeFeatures.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.MagnitudeFeatures2.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.MagnitudeFeatures3.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.MappingFunctions.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.NamingConcatFeatureMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.NoMasksLabelMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.PositiveControlFeatureMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.QualityFeatures.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.QualityGenotypeCount.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.ReadIndexFeatures.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.ReadIndexFeaturesFix.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.ReadIndexWithCounts.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.SimpleFeatureCalculator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.SomaticFrequencyLabelMapper.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.mappers.SortedGenotypeAgreementMapper.class - [JAR]
org.campagnelab.dl.somatic.learning
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.AUCLossCalculator.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.AbstractPredictMutations.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.PredictMutations.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.PredictionArguments.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.SomaticTrainer.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.SomaticTrainingArguments.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.TrainModelS.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.TrainSomaticModel.class - [JAR]
├─ org.campagnelab.dl.somatic.learning.TrainSomaticModelErrorSampling.class - [JAR]