Download htsjdk.jar - @com.github.samtools

Version	Vulnerabilities	Size	Updated
4.0.x	htsjdk-4.0.1.jar		1.89 MB	Aug 08, 2023
htsjdk-4.0.0.jar		1.89 MB	Aug 03, 2023
3.0.x	htsjdk-3.0.5.jar		1.87 MB	Feb 21, 2023
htsjdk-3.0.4.jar		1.87 MB	Nov 23, 2022
htsjdk-3.0.3.jar		1.87 MB	Nov 16, 2022
htsjdk-3.0.2.jar		1.87 MB	Oct 12, 2022
htsjdk-3.0.1.jar		1.87 MB	Sep 26, 2022
htsjdk-3.0.0.jar	CVE-2022-21126	1.87 MB	Jun 06, 2022
2.24.x	htsjdk-2.24.1.jar	CVE-2022-21126	1.72 MB	Mar 17, 2021
htsjdk-2.24.0.jar	CVE-2022-21126	1.72 MB	Feb 09, 2021
2.23.x	htsjdk-2.23.0.jar	CVE-2022-21126	1.67 MB	Jul 08, 2020
2.22.x	htsjdk-2.22.0.jar	CVE-2022-21126	1.66 MB	May 27, 2020
2.21.x	htsjdk-2.21.3.jar	CVE-2022-21126	1.67 MB	Mar 09, 2020
htsjdk-2.21.2.jar	CVE-2022-21126	1.67 MB	Feb 19, 2020
htsjdk-2.21.1.jar	CVE-2022-21126	1.64 MB	Nov 26, 2019
htsjdk-2.21.0.jar	CVE-2022-21126	1.64 MB	Nov 06, 2019
2.20.x	htsjdk-2.20.3.jar	CVE-2022-21126	1.62 MB	Aug 26, 2019
htsjdk-2.20.2.jar	CVE-2022-21126	1.62 MB	Aug 14, 2019
htsjdk-2.20.1.jar	CVE-2022-21126	1.62 MB	Aug 05, 2019
htsjdk-2.20.0.jar	CVE-2022-21126	1.62 MB	Jul 26, 2019
2.19.x	htsjdk-2.19.0.jar	CVE-2022-21126	1.59 MB	Mar 12, 2019
2.18.x	htsjdk-2.18.2.jar	CVE-2022-21126	1.56 MB	Jan 16, 2019
htsjdk-2.18.1.jar	CVE-2022-21126	1.54 MB	Dec 04, 2018
htsjdk-2.18.0.jar	CVE-2022-21126	1.54 MB	Nov 16, 2018
2.17.x	htsjdk-2.17.0.jar	CVE-2022-21126	1.55 MB	Oct 31, 2018
2.16.x	htsjdk-2.16.1.jar	CVE-2022-21126	1.55 MB	Sep 07, 2018
htsjdk-2.16.0.jar	CVE-2022-21126	1.55 MB	Jun 19, 2018
2.15.x	htsjdk-2.15.1.jar	CVE-2022-21126	1.54 MB	May 31, 2018
htsjdk-2.15.0.jar	CVE-2022-21126	1.54 MB	May 16, 2018
2.14.x	htsjdk-2.14.3.jar	CVE-2022-21126	1.53 MB	Feb 08, 2018
htsjdk-2.14.2.jar	CVE-2022-21126	1.53 MB	Feb 05, 2018
htsjdk-2.14.1.jar	CVE-2022-21126	1.53 MB	Jan 17, 2018
htsjdk-2.14.0.jar	CVE-2022-21126	1.53 MB	Jan 02, 2018
2.13.x	htsjdk-2.13.2.jar	CVE-2022-21126	1.52 MB	Dec 13, 2017
htsjdk-2.13.1.jar	CVE-2022-21126	1.52 MB	Nov 17, 2017
htsjdk-2.13.0.jar	CVE-2022-21126	1.52 MB	Nov 09, 2017
2.12.x	htsjdk-2.12.0.jar	CVE-2022-21126	1.51 MB	Sep 28, 2017
2.11.x	htsjdk-2.11.0.jar	CVE-2022-21126	1.51 MB	Aug 11, 2017
2.10.x	htsjdk-2.10.1.jar	CVE-2022-21126	1.50 MB	Jun 08, 2017
htsjdk-2.10.0.jar	CVE-2022-21126	1.50 MB	Jun 01, 2017
2.9.x	htsjdk-2.9.1.jar	CVE-2022-21126	1.49 MB	Feb 21, 2017
htsjdk-2.9.0.jar	CVE-2022-21126	1.49 MB	Feb 14, 2017
2.8.x	htsjdk-2.8.1.jar	CVE-2022-21126	1.49 MB	Dec 09, 2016
htsjdk-2.8.0.jar	CVE-2022-21126	1.49 MB	Dec 07, 2016
2.7.x	htsjdk-2.7.0.jar	CVE-2022-21126	1.47 MB	Oct 28, 2016
2.6.x	htsjdk-2.6.1.jar	CVE-2022-21126	1.48 MB	Aug 30, 2016
htsjdk-2.6.0.jar	CVE-2022-21126	1.48 MB	Aug 03, 2016
2.5.x	htsjdk-2.5.1.jar	CVE-2022-21126	1.48 MB	Jul 11, 2016
htsjdk-2.5.0.jar	CVE-2022-21126	1.63 MB	Jun 23, 2016
2.4.x	htsjdk-2.4.1.jar	CVE-2022-21126	1.46 MB	May 27, 2016
htsjdk-2.4.0.jar	CVE-2022-21126	1.46 MB	May 27, 2016
2.3.x	htsjdk-2.3.0.jar	CVE-2022-21126	1.46 MB	May 12, 2016
2.2.x	htsjdk-2.2.4.jar	CVE-2022-21126	1.46 MB	Apr 27, 2016
htsjdk-2.2.3.jar	CVE-2022-21126	1.46 MB	Apr 27, 2016
htsjdk-2.2.2.jar	CVE-2022-21126	1.46 MB	Apr 20, 2016
htsjdk-2.2.1.jar	CVE-2022-21126	1.46 MB	Apr 05, 2016
htsjdk-2.2.0.jar	CVE-2022-21126	1.46 MB	Apr 05, 2016
2.1.x	htsjdk-2.1.1.jar	CVE-2022-21126	1.29 MB	Mar 04, 2016
htsjdk-2.1.0.jar	CVE-2022-21126	1.29 MB	Feb 02, 2016
2.0.x	htsjdk-2.0.1.jar	CVE-2022-21126	1.28 MB	Dec 04, 2015
htsjdk-2.0.0.jar	CVE-2022-21126	1.28 MB	Dec 03, 2015
1.143	htsjdk-1.143.jar	CVE-2022-21126	1.23 MB	Dec 03, 2015
1.142	htsjdk-1.142.jar	CVE-2022-21126	1.28 MB	Dec 03, 2015
1.141	htsjdk-1.141.jar	CVE-2022-21126	1.23 MB	Nov 16, 2015
1.140	htsjdk-1.140.jar	CVE-2022-21126	1.22 MB	Oct 07, 2015
1.139	htsjdk-1.139.jar	CVE-2022-21126	1.22 MB	Sep 14, 2015
1.138	htsjdk-1.138.jar	CVE-2022-21126	1.20 MB	Aug 11, 2015
1.137	htsjdk-1.137.jar	CVE-2022-21126	1.20 MB	Jul 27, 2015
1.136	htsjdk-1.136.jar	CVE-2022-21126	1.19 MB	Jul 13, 2015
1.135	htsjdk-1.135.jar	CVE-2022-21126	1.19 MB	Jun 29, 2015
1.134	htsjdk-1.134.jar	CVE-2022-21126	1.19 MB	Jun 11, 2015
1.133	htsjdk-1.133.jar	CVE-2022-21126	1.19 MB	Jun 01, 2015
1.132	htsjdk-1.132.jar	CVE-2022-21126	1.19 MB	May 13, 2015
1.131	htsjdk-1.131.jar	CVE-2022-21126	1.19 MB	May 07, 2015
1.130	htsjdk-1.130.jar	CVE-2022-21126	1.19 MB	Mar 24, 2015
1.129	htsjdk-1.129.jar	CVE-2022-21126	1.18 MB	Feb 23, 2015
1.128	htsjdk-1.128.jar	CVE-2022-21126	1.18 MB	Feb 12, 2015

View Java Class Source Code in JAR file

Download JD-GUI to open JAR file and explore Java source code file (.class .java)
Click menu "File → Open File..." or just drag-and-drop the JAR file in the JD-GUI window htsjdk-4.0.1.jar file.
Once you open a JAR file, all the java classes in the JAR file will be displayed.

htsjdk.beta.plugin.hapref

├─ htsjdk.beta.plugin.hapref.HapRefDecoderOptions.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceDecoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceDecoderOptions.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceEncoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceEncoderOptions.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.hapref.HaploidReferenceFormats.class - [JAR]

htsjdk.variant.variantcontext.filter

├─ htsjdk.variant.variantcontext.filter.CompoundFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.filter.FilteringIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.filter.FilteringVariantContextIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.filter.GenotypeQualityFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.filter.HeterozygosityFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.filter.JavascriptVariantFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.filter.PassingVariantFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.filter.SnpFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.filter.VariantContextFilter.class - [JAR]

htsjdk.samtools.util.nio

├─ htsjdk.samtools.util.nio.DeleteOnExitPathHook.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.reads.cram

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMDecoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMDecoderOptions.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMEncoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.cram.CRAMEncoderOptions.class - [JAR]

htsjdk.tribble.gff

├─ htsjdk.tribble.gff.Gff3BaseData.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.gff.Gff3Codec.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.gff.Gff3Constants.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.gff.Gff3Feature.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.gff.Gff3FeatureImpl.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.gff.Gff3Writer.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.gff.SequenceRegion.class - [JAR]

htsjdk.variant.variantcontext.writer

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.AsyncVariantContextWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Encoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldEncoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2FieldWriterManager.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.BCF2Writer.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.IndexingVariantContextWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.IntGenotypeFieldAccessors.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.Options.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.SortingVariantContextWriterBase.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.VCFWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.writer.VariantContextWriterBuilder.class - [JAR]

htsjdk.tribble.index.interval

├─ htsjdk.tribble.index.interval.Interval.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.interval.IntervalIndexCreator.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTree.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.interval.IntervalTreeIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.interval.MutableInterval.class - [JAR]

htsjdk.tribble.annotation

├─ htsjdk.tribble.annotation.Strand.class - [JAR]

htsjdk.beta.plugin.interval

├─ htsjdk.beta.plugin.interval.HtsInterval.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.interval.HtsIntervalUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.interval.HtsQuery.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.interval.HtsQueryInterval.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.interval.HtsQueryRule.class - [JAR]

htsjdk.tribble.IntervalList

├─ htsjdk.tribble.IntervalList.IntervalListCodec.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.ExperimentalCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.ExperimentalEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombIntegerCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombIntegerEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombLongCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombLongEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombRiceIntegerCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.experimental.GolombRiceIntegerEncoding.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanBitCode.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanCanoncialCodeGenerator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanLeaf.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanNode.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanParams.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanParamsCalculator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.huffmanUtils.HuffmanTree.class - [JAR]

htsjdk.samtools.util

├─ htsjdk.samtools.util.AbstractAsyncWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.AbstractIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.AbstractLocusInfo.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.AbstractLocusIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.AbstractProgressLogger.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.AbstractRecordAndOffset.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.AsciiWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.AsyncBlockCompressedInputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.AsyncBufferedIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.BinaryCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.BlockCompressedFilePointerUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.BlockCompressedInputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.BlockCompressedOutputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.BlockCompressedStreamConstants.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.BlockGunzipper.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.BufferedLineReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.CigarUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.CloseableIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.CloserUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.CodeUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.CollectionUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.ComparableTuple.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.CoordMath.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.CoordSpanInputSteam.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.CustomGzipOutputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.DateParser.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.DelegatingIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.DiskBackedQueue.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.EdgeReadIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.EdgingRecordAndOffset.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.FastLineReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.FastqQualityFormat.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.FileAppendStreamLRUCache.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.FileExtensions.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.FormatUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.GZIIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Histogram.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.HttpUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.IOUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Interval.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.IntervalCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.IntervalCoordinateComparator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.IntervalList.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.IntervalListReferenceSequenceMask.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.IntervalListWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.IntervalTree.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.IntervalTreeMap.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.IntervalUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Iso8601Date.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.IterableAdapter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.IterableOnceIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Iterables.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Lazy.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.LineReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.ListMap.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Locatable.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.LocationAware.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Locus.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.LocusComparator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.LocusImpl.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Log.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingInputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Md5CalculatingOutputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.MergingIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Murmur3.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.OverlapDetector.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.PeekIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.PeekableIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.PositionalOutputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.ProcessExecutor.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.ProgressLogger.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.ProgressLoggerInterface.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.QualityEncodingDetector.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.QualityUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.ReferenceSequenceMask.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.RelativeIso8601Date.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMap.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.ResourceLimitedMapFunctor.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.RuntimeEOFException.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.RuntimeIOException.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.RuntimeScriptException.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.SAMRecordPrefetchingIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.SamConstants.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.SamLocusIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.SamRecordIntervalIteratorFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.SamRecordTrackingBuffer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.SamRecordWithOrdinal.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.SequenceUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.SnappyLoader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.SolexaQualityConverter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.SortingCollection.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.SortingLongCollection.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.StopWatch.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.StringLineReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.StringUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.TempStreamFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.TerminatorlessBlockCompressedOutputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.TestUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.TrimmingUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.Tuple.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.WholeGenomeReferenceSequenceMask.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.reads.bam

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMDecoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMDecoderOptions.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMEncoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.bam.BAMEncoderOptions.class - [JAR]

htsjdk.samtools.apps

├─ htsjdk.samtools.apps.TimeChannel.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.apps.TimeRandomAccessFile.class - [JAR]

htsjdk.beta.plugin.registry

├─ htsjdk.beta.plugin.registry.HaploidReferenceResolver.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.registry.HtsCodecRegistry.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.registry.HtsCodecResolver.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.registry.HtsDefaultRegistry.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.registry.ReadsResolver.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.registry.VariantsResolver.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.compression

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.BZIP2ExternalCompressor.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.ExternalCompressor.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.GZIPExternalCompressor.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.LZMAExternalCompressor.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.RANSExternalCompressor.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.RAWExternalCompressor.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.VCFCodecV3_3.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.VCFDecoderV3_3.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_3.VCFEncoderV3_3.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.encoding.external

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ByteArrayStopCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ByteArrayStopEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteArrayCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteArrayEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalByteEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalIntegerCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalIntegerEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalLongCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.external.ExternalLongEncoding.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.build

├─ htsjdk.samtools.cram.build.CRAMReferenceRegion.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.build.CompressionHeaderFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.build.ContainerFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.build.CramContainerHeaderIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.build.CramContainerIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.build.CramIO.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.build.CramSpanContainerIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.build.SliceFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.build.Utils.class - [JAR]

htsjdk.utils

├─ htsjdk.utils.ClassFinder.class - [JAR]

├─ htsjdk.utils.ValidationUtils.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2.HtsgetBAMCodecV1_2.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.htsgetBAMV1_2.HtsgetBAMDecoderV1_2.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.VCFCodecV3_2.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.VCFDecoderV3_2.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv3_2.VCFEncoderV3_2.class - [JAR]

htsjdk.beta.io.bundle

├─ htsjdk.beta.io.bundle.Bundle.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.io.bundle.BundleBuilder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.io.bundle.BundleJSON.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.io.bundle.BundleResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.io.bundle.BundleResourceBase.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.io.bundle.BundleResourceType.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.io.bundle.IOPathResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.io.bundle.InputStreamResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.io.bundle.OutputStreamResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.io.bundle.SeekableStreamResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.io.bundle.SignatureStream.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.compression.rans

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.ArithmeticDecoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Constants.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.D04.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.D14.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.E04.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.E14.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.FC.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Frequencies.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.RANS.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.RANSDecodingSymbol.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.RANSEncodingSymbol.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.compression.rans.Utils.class - [JAR]

htsjdk.samtools.example

├─ htsjdk.samtools.example.ExampleSamUsage.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.example.PrintReadsExample.class - [JAR]

htsjdk.tribble.util

├─ htsjdk.tribble.util.FTPHelper.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.util.HTTPHelper.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.util.LittleEndianInputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.util.LittleEndianOutputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.util.MathUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.util.ParsingUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.util.RemoteURLHelper.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.util.TabixUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.util.URLHelper.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.util.URLHelperFactory.class - [JAR]

htsjdk.samtools.metrics

├─ htsjdk.samtools.metrics.Header.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.metrics.MetricBase.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.metrics.MetricsFile.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.metrics.StringHeader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.metrics.VersionHeader.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.structure.block

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.block.Block.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.block.BlockCompressionMethod.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.block.BlockContentType.class - [JAR]

htsjdk.tribble.readers

├─ htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.readers.AsciiLineReaderIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.readers.BlockCompressedAsciiLineReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.readers.LineIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.readers.LineIteratorImpl.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.readers.LineReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.readers.LongLineBufferedReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.readers.Positional.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.readers.PositionalBufferedStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.readers.SynchronousLineReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.readers.TabixIteratorLineReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.readers.TabixReader.class - [JAR]

htsjdk.variant.bcf2

├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2Codec.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2Decoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2GenotypeFieldDecoders.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2LazyGenotypesDecoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2Type.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.bcf2.BCF2Utils.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.bcf2.BCFVersion.class - [JAR]

htsjdk.samtools.fastq

├─ htsjdk.samtools.fastq.AsyncFastqWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.fastq.BasicFastqWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.fastq.FastqConstants.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.fastq.FastqEncoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.fastq.FastqReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.fastq.FastqRecord.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.fastq.FastqWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.fastq.FastqWriterFactory.class - [JAR]

htsjdk.tribble

├─ htsjdk.tribble.AbstractFeatureCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.AbstractFeatureReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.AsciiFeatureCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.BinaryFeatureCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.CloseableTribbleIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.Feature.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.FeatureCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.FeatureCodecHeader.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.FeatureReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.MutableFeature.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.NameAwareCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.SimpleFeature.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.TabixFeatureReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.Tribble.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.TribbleException.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.TribbleIndexedFeatureReader.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.CRAMCodecV2_1.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.CRAMDecoderV2_1.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV2_1.CRAMEncoderV2_1.class - [JAR]

htsjdk.tribble.bed

├─ htsjdk.tribble.bed.BEDCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.bed.BEDFeature.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.bed.FullBEDFeature.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.bed.SimpleBEDFeature.class - [JAR]

htsjdk.samtools.util.ftp

├─ htsjdk.samtools.util.ftp.FTPClient.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.ftp.FTPReply.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.ftp.FTPStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.ftp.FTPUtils.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.common

├─ htsjdk.samtools.cram.common.CRAMVersion.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.common.CramVersions.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.common.MutableInt.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.reads

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.ReadsCodecUtils.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.encoding

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ByteArrayLenCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.ByteArrayLenEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.CRAMCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.CRAMEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.EncodingFactory.class - [JAR]

htsjdk.tribble.example

├─ htsjdk.tribble.example.CountRecords.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.example.ExampleBinaryCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.example.IndexToTable.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.example.IndicesAreEqual.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.example.ProfileIndexReading.class - [JAR]

htsjdk.samtools.liftover

├─ htsjdk.samtools.liftover.Chain.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.liftover.LiftOver.class - [JAR]

htsjdk.io

├─ htsjdk.io.AsyncWriterPool.class - [JAR]

├─ htsjdk.io.HtsPath.class - [JAR]

├─ htsjdk.io.IOPath.class - [JAR]

├─ htsjdk.io.Writer.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.io

├─ htsjdk.samtools.cram.io.BitInputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.io.BitOutputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.io.CRC32InputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.io.CRC32OutputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.io.CountingInputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.io.CramInt.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.io.CramIntArray.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.io.DefaultBitInputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.io.DefaultBitOutputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.io.ITF8.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.io.InputStreamUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.io.LTF8.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta

├─ htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta.FASTACodecV1_0.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.hapref.fasta.FASTADecoderV1_0.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.reads.htsget

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.HtsgetBAMCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.htsget.HtsgetBAMDecoder.class - [JAR]

htsjdk.variant.vcf

├─ htsjdk.variant.vcf.AbstractVCFCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCF3Codec.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCF3Parser.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCF4Parser.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFAltHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFCompoundHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFConstants.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFContigHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFEncoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFFileReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFFilterHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFFormatHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeader.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineCount.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineTranslator.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderLineType.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFHeaderVersion.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFIDHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFInfoHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFIteratorBuilder.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFLineParser.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFMetaHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFPassThruTextTransformer.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFPedigreeHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFPercentEncodedTextTransformer.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFRecordCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFSampleHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFSimpleHeaderLine.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFStandardHeaderLines.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFTextTransformer.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.vcf.VCFUtils.class - [JAR]

htsjdk.beta.plugin

├─ htsjdk.beta.plugin.HtsCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.HtsContentType.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.HtsDecoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.HtsDecoderOptions.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.HtsEncoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.HtsEncoderOptions.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.HtsHeader.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.HtsRecord.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.HtsVersion.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.IOUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.Upgradeable.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.package-info.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.BaseQualityScore.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Bases.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Deletion.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.HardClip.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.InsertBase.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Insertion.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Padding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.ReadBase.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.ReadFeature.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.RefSkip.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Scores.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.SoftClip.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures.Substitution.class - [JAR]

htsjdk.tribble.index

├─ htsjdk.tribble.index.AbstractIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.Block.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.ChrIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.DynamicIndexCreator.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.Index.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.IndexCreator.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.IndexFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.MutableIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.TribbleIndexCreator.class - [JAR]

htsjdk.tribble.index.linear

├─ htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.linear.LinearIndexCreator.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VCFCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VCFDecoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VCFEncoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.VariantsCodecUtils.class - [JAR]

htsjdk.variant.variantcontext

├─ htsjdk.variant.variantcontext.Allele.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.CommonInfo.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.FastGenotype.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.Genotype.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeBuilder.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeJEXLContext.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeLikelihoods.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeNumLikelihoodsCache.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.GenotypeType.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.GenotypesContext.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.JEXLMap.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.JexlMissingValueTreatment.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.LazyGenotypesContext.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.SimpleAllele.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.StructuralVariantType.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.VariantContext.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextBuilder.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextComparator.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.VariantContextUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.variantcontext.VariantJEXLContext.class - [JAR]

htsjdk.samtools.util.htsget

├─ htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetClass.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetErrorResponse.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetFormat.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetMalformedResponseException.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetPOSTRequest.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetRequest.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetRequestField.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.htsget.HtsgetResponse.class - [JAR]

htsjdk.beta

├─ htsjdk.beta.package-info.class - [JAR]

htsjdk.tribble.util.popgen

├─ htsjdk.tribble.util.popgen.HardyWeinbergCalculation.class - [JAR]

htsjdk.tribble.exception

├─ htsjdk.tribble.exception.CodecLineParsingException.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.exception.UnsortedFileException.class - [JAR]

htsjdk.beta.plugin.reads

├─ htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsBundle.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsDecoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsDecoderOptions.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsEncoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsEncoderOptions.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsFormats.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.reads.ReadsQuery.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.BAMCodecV1_0.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.BAMDecoderV1_0.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.bam.bamV1_0.BAMEncoderV1_0.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.VCFCodecV4_2.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.VCFDecoderV4_2.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_2.VCFEncoderV4_2.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3.VCFCodecV4_3.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_3.VCFDecoderV4_3.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.VCFCodecV4_0.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.VCFDecoderV4_0.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_0.VCFEncoderV4_0.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.reads.sam

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.sam.SAMCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.sam.SAMDecoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.sam.SAMEncoder.class - [JAR]

htsjdk.beta.plugin.variants

├─ htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsDecoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsDecoderOptions.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsEncoder.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsEncoderOptions.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.plugin.variants.VariantsFormats.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.structure

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.AlignmentContext.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.AlignmentSpan.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.CRAMCompressionRecord.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.CRAMEncodingStrategy.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.CRAMRecordReadFeatures.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.CompressionHeader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.CompressionHeaderEncodingMap.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.CompressorCache.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.Container.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.ContainerHeader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.CramHeader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.DataSeries.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.DataSeriesType.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.EncodingDescriptor.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.EncodingID.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.ReadTag.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.Slice.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.SliceBlocks.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.SliceBlocksReadStreams.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.SliceBlocksWriteStreams.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.SubstitutionBase.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.structure.SubstitutionMatrix.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.VCFCodecV4_1.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.VCFDecoderV4_1.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.variants.vcf.vcfv4_1.VCFEncoderV4_1.class - [JAR]

htsjdk.samtools.reference

├─ htsjdk.samtools.reference.AbstractFastaSequenceFile.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.AbstractIndexedFastaSequenceFile.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.BlockCompressedIndexedFastaSequenceFile.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.FastaReferenceWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.FastaReferenceWriterBuilder.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceFile.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndexCreator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.FastaSequenceIndexEntry.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.IndexedFastaSequenceFile.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequence.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFile.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.ReferenceSequenceFileWalker.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.reference.SamLocusAndReferenceIterator.class - [JAR]

htsjdk.samtools.filter

├─ htsjdk.samtools.filter.AbstractJavascriptFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.AggregateFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.AlignedFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.DuplicateReadFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.FailsVendorReadQualityFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.FilteringIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.FilteringSamIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.InsertSizeFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.IntervalFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.IntervalKeepPairFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.InvertFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.JavascriptSamRecordFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.MappingQualityFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.NotPrimaryAlignmentFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.OverclippedReadFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.ReadNameFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.SamRecordFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.SecondaryAlignmentFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.SecondaryOrSupplementaryFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.SolexaNoiseFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.TagFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.filter.WholeReadClippedFilter.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.encoding.writer

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.CramRecordWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.writer.DataSeriesWriter.class - [JAR]

htsjdk.beta.io

├─ htsjdk.beta.io.IOPathUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.io.package-info.class - [JAR]

htsjdk.samtools.seekablestream

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.ByteArraySeekableStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.ISeekableStreamFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.ReadableSeekableStreamByteChannel.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableBufferedStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFTPStreamHelper.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableFileStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableHTTPStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableMemoryStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekablePathStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.SeekableStreamFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.seekablestream.UserPasswordInput.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.digest

├─ htsjdk.samtools.cram.digest.AbstractSerialDigest.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.digest.ByteSumCombine.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.digest.Combine.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.digest.ContentDigests.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.digest.Crc32Hasher.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.digest.IntegerSumCombine.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.digest.MessageDigestHasher.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.digest.SERIES.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.CRAMCodecV3_0.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.CRAMDecoderV3_0.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.cram.cramV3_0.CRAMEncoderV3_0.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.SAMCodecV1_0.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.SAMDecoderV1_0.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.codecs.reads.sam.samV1_0.SAMEncoderV1_0.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.encoding.reader

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.CramRecordReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.reader.DataSeriesReader.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.encoding.core

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.BetaIntegerCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.BetaIntegerEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanByteCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanByteEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanIntegerCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CanonicalHuffmanIntegerEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.CoreCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.GammaIntegerCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.GammaIntegerEncoding.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.SubexponentialIntegerCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.encoding.core.SubexponentialIntegerEncoding.class - [JAR]

htsjdk.beta.codecs

├─ htsjdk.beta.codecs.package-info.class - [JAR]

htsjdk.variant.utils

├─ htsjdk.variant.utils.BinomialCoefficientUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.utils.GeneralUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.utils.SAMSequenceDictionaryExtractor.class - [JAR]

├─ htsjdk.variant.utils.VCFHeaderReader.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram.ref

├─ htsjdk.samtools.cram.ref.CRAMLazyReferenceSource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.ref.CRAMReferenceSource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.ref.EnaRefService.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.ref.GaveUpException.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceContext.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceContextType.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceSource.class - [JAR]

htsjdk.samtools.util.zip

├─ htsjdk.samtools.util.zip.DeflaterFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.util.zip.InflaterFactory.class - [JAR]

htsjdk.tribble.index.tabix

├─ htsjdk.tribble.index.tabix.AllRefsTabixIndexCreator.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.tabix.StreamBasedTabixIndexCreator.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.tabix.TabixFormat.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndexCreator.class - [JAR]

├─ htsjdk.tribble.index.tabix.TabixIndexMerger.class - [JAR]

htsjdk.variant.example

├─ htsjdk.variant.example.PrintVariantsExample.class - [JAR]

htsjdk.samtools.sra

├─ htsjdk.samtools.sra.ReferenceCache.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.sra.SRAAccession.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.sra.SRAAlignmentIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.sra.SRAIndexedSequenceFile.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.sra.SRALazyRecord.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.sra.SRAUnalignmentIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.sra.SRAUtils.class - [JAR]

htsjdk.samtools

├─ htsjdk.samtools.AbstractBAMFileIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.AbstractSAMHeaderRecord.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.AlignmentBlock.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.AsyncSAMFileWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMFileConstants.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMFileReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMFileSpan.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMFileWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMIndexContent.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMIndexMerger.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMIndexMetaData.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMIndexWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMIndexer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMIteratorFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMQueryMultipleIntervalsIteratorFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMRecord.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMRecordCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMSBIIndexer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMStartingAtIteratorFilter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BAMStreamWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BamFileIoUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BamIndexValidator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.Bin.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BinList.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BinWithOffset.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BinaryBAMIndexWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BinaryCigarCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BinaryTagCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BinningIndexBuilder.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BinningIndexContent.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.BrowseableBAMIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CRAMBAIIndexer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CRAMCRAIIndexer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CRAMContainerStreamWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CRAMFileReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CRAMFileWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CRAMIndexer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CRAMIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CSIIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CachingBAMFileIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CachingBamFileIndexOptimizedForMerging.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.ChainedDownsamplingIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.Chunk.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.Cigar.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CigarElement.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CigarOperator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.ComparableSamRecordIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CompressedIndexFileBuffer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.ConstantMemoryDownsamplingIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CoordinateSortedPairInfoMap.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.CustomReaderFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.DefaultSAMRecordFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.Defaults.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.DiskBasedBAMFileIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.DownsamplingIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.DownsamplingIteratorFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.DuplicateScoringStrategy.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.DuplicateSet.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.DuplicateSetIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.FileInputResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.FileTruncatedException.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.GenomicIndexUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.HighAccuracyDownsamplingIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.HtsgetBAMFileReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.HtsgetInputResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.IndexFileBuffer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.IndexFileBufferFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.IndexMerger.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.IndexStreamBuffer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.Indexer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.InputResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.InputStreamInputResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.LinearIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.MemoryMappedFileBuffer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.MergingSamRecordIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.NotPrimarySkippingIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.PathInputResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.QueryInterval.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.RandomAccessFileBuffer.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.ReservedTagConstants.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndUnsignedArrayValue.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMBinaryTagAndValue.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMException.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMFileHeader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMFileSource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMFileSpan.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMFileWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMFileWriterFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMFlag.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMFormatException.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMHeaderRecordComparator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMLineParser.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMProgramRecord.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMReadGroupRecord.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMRecord.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMRecordComparator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMRecordCoordinateComparator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMRecordDuplicateComparator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMRecordFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMRecordIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMRecordQueryHashComparator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMRecordQueryNameComparator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMRecordSetBuilder.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionaryCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMSequenceRecord.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMSortOrderChecker.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMTag.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMTagUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMTestUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMTextHeaderCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMTextReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMTextWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMUtils.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SAMValidationError.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SBIIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SBIIndexMerger.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SBIIndexWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SQTagUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SRAFileReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SRAIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SRAInputResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SRAIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SamFileHeaderMerger.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SamFileValidator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SamFiles.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SamFlagField.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SamIndexes.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SamInputResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SamPairUtil.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SamReader.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SamReaderFactory.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SamStreams.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SecondaryAlignmentSkippingIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SecondaryOrSupplementarySkippingIterator.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.SeekableStreamInputResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.StreamInflatingIndexingOutputStream.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.TagValueAndUnsignedArrayFlag.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.TextCigarCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.TextTagCodec.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.TextualBAMIndexWriter.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.UrlInputResource.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.ValidationStringency.class - [JAR]

htsjdk.samtools.cram

├─ htsjdk.samtools.cram.BAIEntry.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.CRAIEntry.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.CRAIIndex.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.CRAIIndexMerger.class - [JAR]

├─ htsjdk.samtools.cram.CRAMException.class - [JAR]

htsjdk.annotations

├─ htsjdk.annotations.BetaAPI.class - [JAR]

├─ htsjdk.annotations.InternalAPI.class - [JAR]

htsjdk.beta.exception

├─ htsjdk.beta.exception.HtsjdkException.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.exception.HtsjdkIOException.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.exception.HtsjdkPluginException.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.exception.HtsjdkUnsupportedOperationException.class - [JAR]

├─ htsjdk.beta.exception.package-info.class - [JAR]

com.github.samtools : htsjdk

Maven & Gradle

HTSJDK · A Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats

Latest Version

All Versions

Download com.github.samtools : htsjdk JAR file - All Versions:

View Java Class Source Code in JAR file